Detectar pares de filas con similitud aproximada
Código:R/duplicados-aproximados.R
detectar_duplicados_aproximados.RdCompara filas seleccionadas de una tabla con stringdist y devuelve pares cuya
distancia esta bajo el umbral. El resultado describe similitud, distancia,
medida y alcance; nunca afirma que dos filas representen la misma entidad.
Por omision se combinan como maximo dos columnas de texto o factores, despues
de excluir nombres que parecen identificadores (id, codigo, uuid, entre
otros). Si quedan mas de dos columnas, la funcion pide indicar columnas
explicitamente en vez de mezclar campos que pueden diluir la similitud. La
medida predeterminada es Jaro–Winkler ("jw"), adecuada para transposiciones
y pequenas erratas; el umbral predeterminado 0.12 es deliberadamente mas
conservador que 0.15, que sobre cadenas cortas y estructuradas produce
demasiados pares. Ambos argumentos se pueden cambiar.
Uso
detectar_duplicados_aproximados(
datos,
columnas = NULL,
metodo = "jw",
umbral = 0.12,
muestra = Inf,
max_pares = 50000000L,
max_resultados = 100L,
normalizar = TRUE,
perfil = NULL,
proteger_datos_personales = TRUE,
bloque = 1000L,
estrategia = "auto",
lsh_bandas = 12L,
lsh_filas = 3L,
lsh_q = 3L,
lsh_max_cubeta = 1000L,
lsh_muestra_estimacion = 400000L,
presupuesto_pares = Inf,
bloquear_por = NULL,
lotes = FALSE,
tamano_lote = 1000L,
directorio_lotes = NULL,
nucleos = getOption("lupa.nucleos", 2L)
)Argumentos
- datos
Tabla con una fila por entidad observada.
- columnas
Columnas atomicas a combinar.
NULLaplica la seleccion automatica descrita arriba; no se incluyen matrices ni listas.- metodo
Medida admitida por
stringdist::stringdistmatrix(). Por defecto,"jw".- umbral
Distancia maxima para informar un par. Por defecto
0.12.- muestra
Máximo de filas candidatas. En el camino exacto queda sujeto a
max_pares; con LSH,Infusa todas las filas.- max_pares
Máximo de pares comparados en el camino exacto. Por defecto
50000000, que permite recorrer exhaustivamente hasta 10.000 filas con el método y el bloque predeterminados; se puede reducir para limitar el tiempo. En LSH el alcance se expresa con candidatos y cubetas, por lo que este límite no se usa para recortar filas; el resultado lo marca explícitamente.- max_resultados
Maximo de pares devueltos. Por defecto
100.- normalizar
Si se recortan espacios, se pasa a minusculas y se colapsan espacios antes de calcular la distancia.
- perfil
Perfil de los mismos datos para reutilizar su clasificacion de datos personales y no volver a inferirla.
- proteger_datos_personales
Si la evidencia de columnas protegidas se reemplaza por
[valor protegido]. La supresion queda indicada en cada par.- bloque
Cantidad de filas por tesela de comparación. Por defecto
1000; controla la memoria temporal, no el número de pares comparados.- estrategia
Estrategia de comparación:
"auto"(por omisión),"teselas","muestra"o"lsh". MinHash/LSH sólo se activa automáticamente por encima del tope exhaustivo; se puede forzar con"lsh".- lsh_bandas
Número de bandas del esquema LSH. Por defecto, 12.
- lsh_filas
Número de filas de firma por banda. Por defecto, 3.
- lsh_q
Longitud de los q-gramas usados para MinHash. Por defecto, 3.
- lsh_max_cubeta
Umbral a partir del cual una cubeta se considera grande y se procesa por el mismo troceo acotado del camino exhaustivo. No se descartan pares por este umbral; el alcance informa cuántas cubetas y cuántos pares se procesaron de esta forma. Por defecto, 1000.
- lsh_muestra_estimacion
Cantidad máxima de pares de filas usados para estimar la proporción de candidatos, el tiempo del camino LSH y, si hay
bloquear_por, la pérdida de candidatos del bloqueo. La muestra es interna, reproducible y su tamaño efectivo queda enalcance. Por defecto se intentan 400.000 pares.- presupuesto_pares
Presupuesto de pares candidatos. Por defecto es
Inf; si la estimación previa lo supera, una sesión no interactiva aborta antes del recorrido y una interactiva pregunta si se continúa. También limita la comparación exacta: allí el número de pares se conoce antes de empezar.- bloquear_por
Nombre de una columna declarada por el usuario para restringir la comparación a filas con la misma clave. La clave no tiene significado incorporado en
lupa; sus tamaños, ausentes y pares que quedan fuera se registran enalcance. LosNAforman un bloque propio.- lotes
Si es
TRUE, procesa la comparación exacta por pares de grupos de filas y guarda cada resultado parcial en RDS. Por omisión esFALSE; el camino LSH ya administra sus cubetas en memoria y no admite este modo.- tamano_lote
Cantidad de filas por grupo de trabajo cuando
lotesesTRUE. Por defecto,1000.- directorio_lotes
Directorio base elegido por el usuario para los parciales. Si es
NULL, se crea un subdirectorio dentro detempdir(); nunca se escribe en el directorio de trabajo por omisión. Los parciales no son reanudables y se conservan al terminar para auditoría; si el directorio base fue elegido por el usuario, éste debe eliminarlos cuando ya no los necesite. Su ruta, cantidad y tamaño quedan enresultado$lotes.- nucleos
Cantidad máxima de hilos que
stringdistpuede usar. Por defecto esgetOption("lupa.nucleos", 2L);NULLusa esa misma opción y un valor mayor que los núcleos disponibles se limita de forma segura. El resultado no depende de esta cantidad, pero el tiempo sí. El valor efectivo queda declarado enalcance$nucleos_usados.
Valor
Lista de clase duplicados_aproximados con pares, hallazgos,
alcance, columnas, metodo, umbral, disponible, razon y
estimacion. alcance es reproducible; en el camino LSH,
estimacion$tiempo_determinista es FALSE y reúne la velocidad, duración
y tiempo de referencia medidos en esa corrida. El campo
estimacion$tiempo_estimado_etapa indica que ese piso cubre sólo la
comparación stringdist, no la firma, las cubetas ni el troceo. En el camino exacto o cuando
no se puede comparar, estimacion es NULL. Si lotes = TRUE, se agrega
lotes con el directorio, los archivos RDS, sus tamaños, el estado de
completitud y reanudable = FALSE. El loteo cruza todos los grupos, por lo
que no pierde pares; su resultado de pares, hallazgos y alcance es el
mismo que el recorrido exacto sin lotes. Cada fila de hallazgos declara
n_evaluados, n_afectados y unidad_conteo; los conteos desconocidos
son NA, nunca cero.
Detalles
Los pares cuyos textos comparados son iguales despues de la normalizacion se
incluyen como tipo_par = "exacto"; los restantes son "aproximado".
La clasificacion no depende de que una medida de distancia devuelva cero:
por ejemplo, soundex puede dar distancia cero para textos distintos.
Ningun par demuestra identidad.
La comparacion usa teselas de bloque filas: cada matriz temporal se
descarta antes de continuar, por lo que la memoria no crece con el tamaño
de la tabla. El recorrido es exacto para las filas seleccionadas. muestra
y max_pares recortan el camino exacto; en el camino LSH, muestra = Inf
conserva todas las filas y max_pares no se aplica a las comparaciones.
En ese camino alcance$limite_pares es NA, mientras
limite_pares_configurado conserva el valor pedido como referencia y
limite_pares_aplica permite distinguir ambos casos sin inferirlo.
El objeto informa cuantos pares eran posibles, cuantos se compararon, el
modo, el tamaño de las teselas o los parámetros LSH y los que quedaron fuera. Solo se muestran
max_resultados coincidencias; el truncamiento tambien queda declarado.
stringdist es una dependencia opcional. Si no esta instalado, la funcion
devuelve un objeto con disponible = FALSE, una tabla vacia y el motivo
explicito; no falla ni presenta silencio como si se hubieran comparado todos
los pares.
Las comparaciones que delegan en stringdist usan nucleos hilos como
máximo. El valor por omisión es getOption("lupa.nucleos", 2L), se limita a
los núcleos disponibles y se publica como alcance$nucleos_usados. Cambiar
la cantidad de hilos no cambia los pares ni los hallazgos, aunque sí puede
cambiar el tiempo de ejecución.
El aviso interactivo señala esta perilla: subir nucleos puede acortar la
etapa de comparación, pero la ganancia depende de la máquina y de los datos.
Para tablas que superan el tope exhaustivo, estrategia = "auto" usa
MinHash con bandas LSH sobre todas las filas cuando muestra = Inf. La
salida declara las bandas, las filas por banda, las cubetas descartadas y la
probabilidad teorica de colision. Esa probabilidad se refiere al Jaccard de
los q-gramas, no a la medida final (metodo). estrategia = "lsh" fuerza
este camino; "teselas" y "muestra" conservan el camino exacto o
muestreado de las versiones anteriores. Las cubetas que superan
lsh_max_cubeta se procesan igualmente por lotes; el parámetro identifica
cubetas potencialmente costosas, pero no descarta sus pares. El alcance
separa lsh_teselas_cubetas_grandes (matrices del primer tramo) de
lsh_lotes_cubetas_grandes (lotes de filas de las bandas posteriores), pues
no son la misma unidad. Los pares aceptados por ambos recorridos entran al
resumen de Jaccard. Si alguna implementación futura descarta una cubeta,
la garantía se devuelve como NA y lsh_garantia_estado lo deja explícito.
La familia MinHash usa una permutación aleatoria inyectiva del vocabulario,
con una semilla interna fija, y restaura el estado global del generador de R;
por eso es determinista sin depender de set.seed() ni de RNGkind(). La
tabla de consulta de cada hash evita repetir trabajo para cada celda de la
matriz de q-gramas y hace que el resultado no dependa de cómo se numeraron
esos q-gramas. Antes de recorrer las bandas se toma una muestra interna y se
publica una estimación reproducible de candidatos. El cronómetro de la medida
se ejecuta durante al menos 50 ms y queda en resultado$estimacion, separado
de alcance y marcado como no determinista. Es un piso de la medida aislada
y no estima la firma, las cubetas ni el troceo; sólo se muestra como aviso en
una sesión interactiva.
Fuera de una sesión interactiva se señala una condición silenciosa de clase
lupa_tiempo_lsh, sólo en el camino LSH: no se imprime en stdout ni
stderr. Se puede capturar con
withCallingHandlers(resultado <- detectar_duplicados_aproximados(...), lupa_tiempo_lsh = function(c) { ... }). Como hereda de message, un
tryCatch(..., message = ...) puede interrumpir la corrida y devolver el
valor del manejador; para observar sin interrumpir use withCallingHandlers
y, si corresponde, invokeRestart("muffleMessage").
presupuesto_pares permite rechazar el recorrido antes de iniciarlo; sólo se
pregunta en una sesión interactiva. El diagnóstico de
Jaccard puede quedar limitado a los primeros
pares del recorrido determinista; lsh_jaccard_alcance lo dice literalmente
y no presenta ese prefijo como una muestra representativa.
Con bloquear_por, alcance separa los pares estructuralmente fuera del
bloqueo de una estimación de los candidatos que se habrían informado y que
quedaron fuera según una muestra determinista. La segunda cantidad es una
estimación, no una cuenta exacta.
Referencias
Broder, A. Z. (1997) doi:10.1109/SEQUEN.1997.666900 . On the resemblance and containment of documents. En Compression and Complexity of Sequences, 21–29. Leskovec, J., Rajaraman, A. y Ullman, J. D. (2020). Mining of Massive Datasets (3.ª ed.), capítulo 3.
Ejemplos
datos <- data.frame(
nombre = c("Ana Perez", "Ana Peres", "Luis Diaz"),
domicilio = c("Calle 1", "Calle 1", "Calle 9")
)
pares <- detectar_duplicados_aproximados(datos)
if (!pares$disponible) pares$razon